In den ersten 20 Jahren hatte die Gesellschaft mehrere Krisen zu überstehen. Ende der 1840er Jahre war ein Teil der Gründungsmitglieder bereits verstorben, viele Mitglieder zahlten ihre Beiträge nicht mehr. Ebenso schwand das Interesse an den Ausstellungen und die Komitees lösten sich z. T. auf. Der Präsident, Freiherr von Hügel, wurde 1849 zum Gesandten am Großherzoglich Toskanischen Hof in Florenz ernannt. Finanzielle Schwierigkeiten sowie das Fehlen einer verantwortlichen Führungspersönlichkeit hatten zum allmählichen Erliegen der Gesellschaftsaktivitäten geführt.
In der Folge fand nun eine Umstrukturierung und grundsätzliche Öffnung für neue Gesellschaftsgruppen unter der Leitung des Vizepräsidenten Eduard Fenzl, Professor für Botanik an der Universität Wien, statt. Dank dieser Maßnahmen konnte die Gesellschaft zahlreiche neue Mitglieder gewinnen und war auch finanziell wieder handlungsfähig.