Bereits im März 1938, wenige Tage nach dem Einmarsch der Deutschen Wehrmacht, wurde vom Ministerium für Land- und Forstwirtschaft ein kommissarischer Leiter für die Geschäfte der ÖGG bestellt. Im November 1938 begannen die Vorbereitungen für Satzungsänderungen, um die ÖGG an die Deutsche Gartenbau-Gesellschaft anzugliedern. Ab April 1939 wurde die Gesellschaft unter dem Namen „Donauländische Gartenbau-Gesellschaft“, angegliedert an die Deutsche Gartenbau-Gesellschaft, durch einen vom Stillhaltekommissar genehmigten Vorstand geführt. Von 1942 bis 1945 war Paul Hudl, Direktor der Staatsgärten (Bundesgärten) und Reichstagsabgeordneter sowie Mitglied der NSDAP seit 1931, Vorsitzender der ÖGG.
